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進入南方四島國家公園區域所有遊客每人每天需繳交新台幣300元的「生態保育稅」，所有許可進入南方四島營業的船隻以後達到滿額100艘，每艘20人（包含觀光、浮潛、潛水、釣魚）每日進入國家公園最多容許人數2,000人，將收取的生態保育費，用來設立基金專戶，專款專用，用以聘任「生態觀察員」，以下請參閱。