未登記工廠是源自農地工廠議題，早期農村時代鼓勵發展產業、設立工廠，時代演變至今，保護農地轉變成為重要議題。為什麼當初工廠可以設在農地上，甚至有可能危害環境，所以現在須要被納管檢討。99年由立法院通過工廠管理輔導法修法，增修第33條及第34條輔導未登記工廠，在法令授權下，允許以劃定集聚特定地區跟補辦臨時工廠登記來處理。補辦臨時工廠登記的對象是屬低汙染工廠，且要符合環保、消防、水利、水保等法令規定才允許進到輔導範圍內，其後針對這些廠商進行後續輔導措施，包含土地、經管等措施。